水蔥種子的發芽溫度18℃左右比較快，播後5～6天出苗。子葉伸直以前，不要澆水，以免引起表土板結。另外水蔥對肥水要求較多，施肥要遵循淡肥勤施、量少次多、營養齊全的原則，澆水要遵循間幹間濕，幹要幹透，不幹不澆，澆就澆透的原則。冬季養殖時要注意控水控肥，並且在施肥過後，晚上要保持葉片和花朵幹燥，水蔥種子的病害有紫斑病及蔥鏽病。蟲害有蔥薊馬。病害在正常生長情況下很少發生，主要為害是蔥薊馬，一般在防治間種菜心或白菜病蟲害過程中，蔥的病蟲害亦被解決。